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张玉林

发布时间:2023-08-14 阅读量:

       张玉林,男,副教授,硕士生导师,大数据二系系主任。2001年毕业于山东师范大学应用数学系,获理学学士学位。 2004 年毕业于大连理工大学数学系,获理学硕士学位。2014年毕业于山东科技大学计算机软件与理论专业,获工学博士学位。毕业后,在山东科技大学工作至今。一直从事大数据,生物信息学,机器学习等方面的研究。
       研究的方向包括基于复杂网络的癌症致病基因识别、全基因组关联研究中的标签SNP集分析方法、表观遗传学生物标志物的识别、多组学数据融合的癌症与其亚型标志物识别算法研究、单细胞聚类算法研究等。近年来,先后和青岛西海岸医院,青岛市儿童医院,山东省立医院,山东省千佛山医院建立了良好的合作研究关系。和华大基因青欧研究院,浪潮集团,山东省超算中心等进行了深入的合作。
       近年来主持或参加的国家级科研项目情况:
       1. 山东科技大学春蕾计划项目:基因网络的逆向建模与结构分析时间2010.06-2012.06,5人1位,主持;
      2. 山东省优秀中青年科学家科研奖励基金:复杂网络方法在基因逻辑网络中的应用研究(BS2011SW025),2012.1-2014.12,9人2位,参与;
      3. 国家自然科学基金项目:复杂基因网络若干理论和应用研究(61170183),2012.1-2015.12,10人2位,参与;
      4.青岛市博士后人员应用研究项目: 输入驱动的状态空间模型用于酵母细胞期过程中基因调控网络的研究(01020120525)2016.12-2020. 03,主持;
      5. 山东科技大学人才引进科研启动基金:基因逻辑网络的相继故障算法及动力学分析(2014RCJJ033),2014.6-2016.5,主持;
      6. 国家统计局全国统计科学研究计划项目:大数据背景下的多源数据机器学习融合算法研究(2019LY49), 2019.10.22-2021.10.21,主持;
      7.教育部产学研协同育人合作项目:校企合作模式下大数据实践基地实训课程资源建设,(201901173041),2019.10-2021.10,主持;
      8.国家自然科学基金项目:基于大家族生物序列数据的多位点连锁IBD计算和性状位点定位方法研究(61572522),2016.1-2019.12, 参与
      9.国家自然科学基金:无线网络环境下含乘性噪声多速率系统的状态估计和故障估计研究及应用(61773245),2018.01-2021.12, 64万,10人6位,参与,在研;
      10.山东科技大学群星计划项目: 基于大数据的精准教学模式研究,2018.08-2020.08,5人1位,主持;
      11.2018年山东科技大学青年人才拔尖计划项目,5万,主持;
      12.2022年青岛市社会科学规划研究项目:融媒体大数据背景下热点事件主题演化研究,2022.07-2024.07,2万,5人1位,主持;
      13.2022年横向科研项目:面向危化安全生产场景的多模态数据算法设计及软件开发,(HX20220021/100万)2022.6.20-2024.6.20,主持。
      近年发表的部分论文:
      1.Yulin Zhang, Shudong Wang, Dazhi Meng. Modeling and Structural Characteristics Analysis of Gene Networks for Prostate Cancer. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2015,12(1):14. ( SCI)
      2. Yulin Zhang, Kebo Lv, Shudong Wang, Jinlong Su, Dazhi Meng. Modeling Gene Networks in Saccharomyces Cerevisiae Based on Gene Expression Profiles. Computational and Mathematical Methods in Medicine, Volume 2015,Article ID 621264.(SCI)
      3. Yulin Zhang, Maoxian Zhao, Jionglong Su, Xiao Lu, Kebo Lv. Novel Model for Cascading Failure Based on Degree Strength and Its Application in Directed Gene Logic Networks. Computational and Mathematical Methods in Medicine, 2018.02,Volume 2018, Article ID:8950794.
      4. Zhang,Yulin,Dong,Kebo,Zhao,Qingfeng,Jionglong. Structural Comparison of Gene Relevance Networks for Breast Cancer Tissues in different grade,Combinatorial Chemistry&High Throughput Screening,2016.19 (9), 714-719.
      5. Yuanyuan Zhang,Chuanhua Kou,Shudong Wang,Yulin Zhang. Genome-wide differential-based analysis of the relationship between dna methylation and gene expression. Current Bioinformatics, 14(8), 2019,783-792.
      6. Zhang Yulin, Feng, Tong, Wang, Shudong, Dong, Ruyi, Yang, Jialiang,Su, Jionglong, Wang, Bo. A Novel XGBoost Method to Identify Cancer Tissue-of-Origin Based on Copy Number Variations, FRONTIERS IN GENETICS,2020,DOI:10.3389/gene.2020.585029.
      7. Liu Jingxian, Zhang Yulin(通讯作者). An Attribute-Weighted Bayes Classifier Based on Asymmetric Correlation Coefficient. International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence, 34(10), 2050025 (2020).
      8. Zhao, QF, Zhang Yulin(通讯作者). Ensemble method of feature selection and reverse construction of gene logical network based on information entropy. International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence,2020, 34(02):487-500.
      9. Liu JX, Wang CY, GaoY L, YL Zhang, et al. Adaptive total-variation regularized low-rank representation for analyzing single-cell rna-seq data. Interdisciplinary Sciences Computational Life Sciences,2021. DOI:10.1007/s12539-021-00444-5.
      10. Shudong Wang, Gaowei Liu, Xinzeng Wang, Yuanyuan Zhang, Sicheng Zhang, Yulin Zhang. TagSNP-set selection for genotyping using integrated data. Future Generation Computer Systems, 2021, 115: 327-334.
      11. Duan H,  Feng T,  Liu S,  Zhang YL(通讯作者), Jionglong SU . Tumor classification of gene expression data by fuzzy hybrid twin svm. Chinese Journal of Electronics, 2022, 31(1), 99-106.
      12. Zhang Yulin, Liu Feng. Rough singular integrals associated to polynomial curves. Journal of Inequalities and Applications. 2022, 19 (2022).
      13. Zhao YW, Wang SD, Ren YJ, & Zhang, YL(通讯作者) (2022). CRANet: a comprehensive residual attention network for intracranial aneurysm image classification. 2022, BMC Bioinformatics 23, 322.
      14. Yulin Zhang, Qiang Wan, Xiaochun Cheng, Guangyang Lu, Shudong Wang and Sicheng He. A Tagging SNP Set Method Based on Network Community Partition of Linkage Disequilibrium and Node Centrality. Current Bioinformatics, 2022, 17, 825-834.
      15.Yulin Zhang, Yuchen Liu, Yan Wang, JieYang. An ensemble oversampling method for imbalanced classification with prior knowledge via generative adversarial network. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems,2023,235,104775.
      16.Wang SD, Zhang Y, Zhang YL(通讯作者), W WH, Y L, et al. scASGC: An adaptive simplified graph convolution model for clustering single-cell RNA-seq data, Computers in Biology and Medicine, 2023,163,107152.
      17.Wang SD, Ren CR, Zhang YL(通讯作者), Pang SC, Qiao SB, Wu WH, Lin BY. AMCSMMA: Predicting Small Molecule–miRNA Potential Associations Based on Accurate Matrix Completion. Cells. 2023,12(8):1123.
      18.Wang SD, Ren CR, Zhang YL, Li YY, Pang SC, Song T. Identifying potential small molecule-miRNA associations via Robust PCA based on γ-norm regularization. Brief in Bioinformatics. 2023, 24(5):1-15.https://doi.org/10.1093/bib/bbad312.  
      19.Zhao YW, Wang SD, Zhang YL. et al. WRANet: wavelet integrated residual attention U-Net network for medical image segmentation. Complex Intelligent System. 2023(9): 6971–6983
https://doi.org/10.1007/s40747-023-01119-y.
      20.Yuanyuan Zhang, Lin Liu, Ziyi Han, Fanyun Meng, Yulin Zhang, Yawu Zhao. TranSEFusionNet: Deep fusion network for colorectal polyp segmentation, Biomedical Signal Processing and Control, 2023,21(86):105133.
      21.Tingting Pan, Witold Pedrycz, Jie Yang, Wei Wu, Yulin Zhang. A new classifier for imbalanced data with iterative learning process and ensemble operating process, Knowledge-Based Systems, 2022,249,108966.
      22.Wang SD, Zhang Y, Zhang YL(通讯作者) et al. Graph attention autoencoder model with dual decoder for clustering single-cell RNA sequencing data. Applied Intelligence, 2024, 54: 5136–5146.
https://doi.org/10.1007/s10489-024-05442-w.
      23.Wang SD, Li HX, Pang SC, Zhang YL(通讯作者) et al. scSID: A lightweight algorithm for identifying rare cell types by capturing differential expression from single-cell sequencing data. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024,23: 589-600.
      24.Wang SD, Li HX, Liu Y, Pang SC, Zhang YL(通讯作者) et al. Connectivity Network Feature Sharing in Single-Cell RNA Sequencing Data Identifies Rare Cells. Journal of Chemical Information and Modeling, 2024.https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.4c00796.
      25.P-达朗贝尔判别法及其应用, 张玉林,赵茂先等,《大学数学》2016年10月,33卷第5期.
      26.Kummer判别法的一种推广形式及其应用, 张玉林,侯婧等,《高等数学研究》2019年5月,23卷第3期.
      27.无穷区间广义积分的根-比判别法,张玉林等,《高等数学研究》2020年5月,23卷第3期.
      28.局部分数阶微分方程初值问题解的存在唯一性,孙荣璞,禄庆,张玉林(通讯作者),赵庆峰.《高等数学研究》2024年8月,27卷第4期.
      近年指导学生获奖:
      1. 2010年高教社杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,国家级,本科组全国一等奖;
      2. 2011年高教社杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,国家级,本科组全国一等奖;
      3. 2012年高教社杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,山东省本科组一等奖1项;
      4. 2019第十二届“中国电机工程学会杯”全国大学生电工数学建模竞赛,指导教师,国家级一等奖1项;
      5. 2021第十三届“中国电机工程学会杯”全国大学生电工数学建模竞赛,指导教师,国家级一等奖1项;
      6. 2019年第九届MathorCup杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,国家级,本科组一等奖2项;
      7. 2020年第十届MathorCup杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,国家级,本科组一等奖1项;
      8. 2021年第十届MathorCup杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,国家级,本科组一等奖2项;
      9. 2020年高教社杯全国大学生数学建模竞赛,指导教师,山东省一等奖1项,山东省二等奖1项;
      10.2020年正大杯第十届全国大学生市场调查与分析大赛山东省二等奖2项;
      11.2020年第一届MathorCup杯高校数学建模挑战赛——大数据竞赛全国二等奖1项;
      12.2020年美国大学生数学建模竞赛,指导教师,获Honorable Mention1项;
      13. 2015年获得青岛市黄岛区科学技术奖一等奖(5/5)1项;
      14.2023年获得山东省大学生创新创业项目国家级项目1项;
      15.2024年获得山东省大学生创新创业项目国家级项目1项;